Публикации

Персональные публикации: Медведев Н.Н., Наберухин Ю.И., Ефимов Ю.Я., Волошин В.П., Аникеенко А.В., Ким А.В.

Книга "Метод Вороного-Делоне в исследовании структуры некристаллических систем", Медведев Н.Н. (введение, содержание, скачать)

Исправления: Erratum

Основные публикации

2011, 2010, 2009, 2008, 2007, 2006, 2005, 2004

2019

● A.V. Kim, E.A. Shelepova, O.Y. Selyutina, E.S. Meteleva, A.V. Dushkin, N.N. Medvedev, N.E. Polyakov, N.Z. Lyakhov. Glycyrrhizin-assisted transport of praziquantel anthelmintic drug through the lipid membrane: an experiment and MD simulation // Molecular Pharmaceutics, 16(7), 2019, 3188-3198. DOI

2018

● E.A. Shelepova, A.V. Kim, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev. Intermolecular Voids in Lipid Bilayers in the Presence of Glycyrrhizic Acid // The Journal of Physical Chemistry B, 122.43 (2018): 9938-9946. DOI

●Е.Д.Кадцын, А.В.Аникеенко, Н.Н.Медведев. Строение водных растворов триметиламиноксида, мочевины и их смеси. // Журнал Структурной Химии, 2018, Т.59, №2, С.359-367. DOI

● Волошин В.П., Ким А.В., Шелепова Е.А., Медведев Н.Н. Определение границы между липидным бислоем и водой. // Журнал Структурной Химии, 2018, том 59, № 1, С.101-110. DOI PDF

2017

● A.V.Anikeenko, E.D.Kadtsyn, N.N.Medvedev. Statistical geometry characterization of global structure of TMAO and TBA aqueous solutions. // Journal of Molecular Liquids, 2017, 245, 35-41. DOI PDF

● Smolin N, Voloshin VP, Anikeenko AV, Geiger A, Winter R, Medvedev NN. TMAO and urea in the hydration shell of the protein SNase. // Phys Chem Chem Phys. 2017, 19(9):6345-6357. DOI PDF

● B. Fabian, M. Sega, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, P. Jedlovszky. Lateral Pressure Profile and Free Volume Properties in Phospholipid Membranes Containing Anesthetics // J. Phys. Chem. B 2017, 121, 2814 −2824. DOI PDF

● Anikeenko, A.V., Zelikman, M.V., Kadtsyn, E.D. Medvedev N.N. Simulation of glycyrrhizic acid associates with cholesterol in methanol Journal of Structural Chemistry (2017) 58 (2), 268–275. DOI PDF

2016

● E.D. Kadtsyn, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev. Molecular dynamics simulation of a DNA duplex labeled with triarylmethyl spin radicals // Journal of Molecular Liquids, 2016. DOI PDF

● Зеликман В.А., Ким А.В., Медведев Н.Н. Структура малых ассоциатов глицирризиновой кислоты с холестерином в водном растворе. Молекулярно-динамическое моделирование // Журнал Структурной Химии, 2016, том 57, №5, стр. 978-984. DOI PDF

2015

● Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Exploring volume, compressibility and hydration changes of folded proteins upon compression. Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 8499-8508, 2015. DOI PDF

2014

● V.P. Voloshin, A.V. Kim, N.N. Medvedev, R. Winter, A. Geiger. "Calculation of the volumetric characteristics of bio-macromolecules in solution by the Voronoi-Delaunay technique". Biophysical Chemistry, 192, 1-9, 2014. DOI PDF

● Kim, A.V., Medvedev, N.N., A. Geiger. Molecular dynamics study of the volumetric and hydrophobic properties of the amphiphilic molecule C8E6// Journal of Molecular Liquids, 189, pp 74–80, 2014. DOI PDF

● V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, and A.Geiger. Fast Calculation of the Empty Volume in Molecular Systems by the use of Voronoi-Delaunay Subsimplexes // Trans. on Comput. Sci. XXII, LNCS 8360, p.156, 2014. DOI PDF

2013

● A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, N.F. Uvarov, Molecular dynamics study of ion migration mechanism in rubidium nitrate// Solid State Ionics, 251, 13-17, 2013. DOI

● Kim, A.V., Voloshin, V.P., Medvedev, N.N., A. Geiger. "Decomposition of a protein solution into Voronoi shells and Delaunay layers: calculation of the volumetric properties". Transactions on Computational Science XX , Springer, Volume 8110, pp 56-71, 2013. DOI PDF

● Медведев Н.Н, Волошин В.П., Ким А.В., Аникеенко А.В., Гайгер А. Расчет парциального мольного объема и его составляющих на молекулярно-динамических моделях разбавленных растворов.// Журнал Структурной Химии, 2013, Том 54 (Приложение№2), S276-S297. URL PDF

● А.С. Роик, А.В.Аникеенко, Н.Н.Медведев. Политетраэдрический порядок и локальное химическое упорядочение в металлических расплавах. // Журнал Структурной Химии, 2013, Том 54 (2), 269-277, URL. PDF English version: pp. 332-340, 2013 DOI PDF

2012

● Kim, A.V., Voloshin, V.P., Medvedev, N.N., Geiger, A. "Decomposition of a Protein Solution into Voronoi Shells and Delaunay Layers". Proceedings of the International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD-2012), New Brunswick, Rutgers University, New Jersey, USA. June 27- 29 2012, ISBN: 978-1-4673-1910-2, pp. 95-102. DOI



2011

● V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, M.N. Andrews, R.R. Burri, R. Winter, A. Geiger, Volumetric Properties of Hydrated Peptides: Voronoi-Delaunay Analysis of Molecular Simulation Runs, J. Phys. Chem. B, 2011, 2011, 115 (48), pp 14217–14228. DOI

● Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Structure of ice Ih and ice Ic as described in the language of Delaunay simplices. Acta Crystallographica Section A. 2011, A67, 507–511. DOI, PDF

● A.S. Roik, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, Investigation of the particular features of the structure factor of liquid Al-based alloys, Journal of Molecular Liquids, Volume 161, Issue 2, pp. 78-84, 2011. PDF

● А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, О причине высокой плотности жидкого циклогексана, Журнал структурной химии, 2011, Том 52, №3, с. 513. PDF


2010

● А.В. Аникеенко, А.В. Ким, Н.Н. Медведев, Исследование структуры жидких С6-алканов методом молекулярной динамики, Журнал структурной химии, Том 51, №6, с. 1127, 2010 PDF

● Ю.Я. Ефимов, О влиянии геометрии водородного мостика на колебательные спектры воды: Трёхпараметрический потенциал водородной связи, Журнал структурной химии, Том 51, №3, с. 501-508, 2010


2009

● А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, Исследование структуры упаковок твердых сфер вблизи Берналовской плотности, Журнал структурной химии, Том 50, №4, с. 787, 2009. PDF

● А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, М.К. Ковалев, М.С. Мельгунов, Моделирование диффузии молекул газа в пористых слоях разной структуры, Журнал структурной химии, Том 50, №3, с. 425, 2009. PDF


2008

● Alexey V. Anikeenko, Marina L. Gavrilova, Nikolai N. Medvedev. Shapes of Delaunay Simplexes and structural Analysis of Hard Sphere Packings . In book: Generalized Voronoi Diagram: A Geometry-Based Approach to Computational Intelligence. Ed. Marina L. Gavrilova, Springer-Verlag Berlin Heidelberg. In serial: Studies in Computational Intelligence,Volume 158, pp 13-45, 2008. PDF

● A. V. Anikeenko and N. N. Medvedev, T. Aste. Structural and entropic insights into the nature of the random-close-packing limit. // Physical Review E 77, 031101 (2008). PDF


2007

● A.V. Anikeenko and N. N. Medvedev. Polytetrahedral Nature of the Dense Disordered Packings of Hard Spheres. PRL, 98, 235504 (2007). PDF

● A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Bezrukov, D.Stoyan, "Observation of fivefold symmetry structures in computer models of dense packing of hard spheres", Journal of Non-Crystalline Solids, 353, pp. 3545-3549, 2007. DOI

● Аникеенко А.В., Медведев Н.Н. Структурные особенности плотных упаковок твердых сфер. Критические плотности.// Журнал Структурной Химии, т. 48, №4, 823-830, 2007. PDF


2006

● Medvedev N.N., Voloshin V.P., Luchnikov V.A., Gavrilova M.L. An algorithm for three-dimensional Voronoi S-network . J. of Comput. Chem. Vol. 27, (14) , pp. 1676 - 1692 (2006). PDF

● Наберухин Ю.И., Волошин В. П. Структура больших некристаллических леннард-джонсовских моделей. // Журн. структ. химии, т. 47, с. 129-143 (2006). Doc // Journal of Structural Chemistry , 47, Supplement, pp S126-S140, 2006. PDF

● Аникеенко А.В., Медведев Н.Н. Гомогенная кристаллизация леннард-джонсовской жидкости. Структурный анализ с помощью симплексов Делоне. // ЖСХ , т.47, (2) 267-276 (2006) PDF. // Journal of Structural Chemistry, Vol.47, (2) 267-276 (2006). PDF


● А.В.Ким, Н.Н.Медведев. Плавление и гомогенная кристаллизация леннард-джонсовской системы. Журн. Структ. Хим.т.47. S144 - S154. 2006 Doc // Journal of Structural Chemistry, vol.47, Supplement, pp.S141-S150, 2006. PDF


● Anikeenko A.V., Medvedev N.N. and Gavrilova M.L. Application of Procrustes Distance to Shape Analysis of Delaunay Simplexes. Proceedings of the 3rd International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering 2006. Ed. B.Werner, IEEE Computer Society, 148-152, (2006). abstract, PDF


2005

● Alinchenko M.G., Voloshin V.P., Medvedev N.N., Mezei M., Partay L., and Jedlovszky P. Effect of cholesterol on the properties of phospholipid membranes. 4. Interatomic voids. // J. Phys. Chem. B, 109 (34), 16490 -16502 (2005). PDF

● Волошин В.П., Наберухин Ю.И. Структура межчастичного пространства в больших некристаллических упаковках леннард-джонсовских атомов и её влияние на диффузионную подвижность примесных частиц. ЖСХ, т. 46, №2, с.273 ? 283. (2005) PDF

● Yu.Ya.Efimov, Yu.I.Naberukhin, Thermodynamic functions of liquid water calculated from the temperature evolution of the vibration spectrum contour // Spectrochimica Acta, Part A: Mol. & Biomolecular Spectroscopy, 2005, Volume/Issue 61/8, pp. 1789-1794.


2004

● M.G. Alinchenko and A. V. Anikeenko, N. N. Medvedev and V. P. Voloshin, M. Mezei, P. Jedlovszky. Morphology of Voids in Molecular Systems. A Voronoi-Delaunay Analysis of a Simulated DMPC Membrane. J. Phys. Chem. B, 108 (49), 19056 -19067, 2004. PDF

● Yu.Ya.Efimov, Yu.I.Naberukhin, Fluctuation theory of hydrogen bonding applied to vibration spectra of HOD molecules in liquid water. II. Infrared spectra: contour shape, integrated intensity, temperature dependence. // Molecular Physics, 2004, v. 102, p. 1407-1414.