Публикации Волошина В.П.
2007, 2006, 2005, 2004, 2003, 2002, 2001, 2000, 1999-1990, 1989-1980 2018
● E.A. Shelepova, A.V. Kim, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev.
Intermolecular Voids in Lipid Bilayers in the Presence of Glycyrrhizic
Acid // The Journal of Physical Chemistry B, 122.43 (2018): 9938-9946. DOI
● Волошин В.П., Ким А.В., Шелепова Е.А., Медведев Н.Н. Определение границы между липидным бислоем и водой. // Журнал Структурной Химии, 2018, том 59, № 1, С.101-110. DOI PDF
2017
● Smolin N, Voloshin VP, Anikeenko AV, Geiger A, Winter R, Medvedev NN. TMAO and urea in the hydration shell of the protein SNase. // Phys Chem Chem Phys. 2017, 19(9):6345-6357. DOI PDF
● B. Fabian, M. Sega, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, P. Jedlovszky. Lateral Pressure Profile and Free Volume Properties in Phospholipid Membranes Containing Anesthetics // J. Phys. Chem. B 2017, 121, 2814 −2824. DOI PDF
2015● Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Exploring volume, compressibility and hydration changes of folded proteins upon compression. Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 8499-8508, 2015. DOI PDF ● Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Disentangling Volumetric and Hydration Properties of Proteins // J. Phys. Chem. B, 2015, 119, 1881-1890. DOI PDF
2014
● V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, and A.Geiger. Fast Calculation of the Empty Volume in Molecular Systems by the use of Voronoi-Delaunay Subsimplexes // Trans. on Comput. Sci. XXII, LNCS 8360, p.156, 2014. DOI PDF● V.P. Voloshin, A.V. Kim, N.N. Medvedev, R. Winter, A. Geiger. Calculation of the Volumetric Characteristics of Bio-Macromolecules In Solution by the Voronoi-Delaunay Technique // Biophysical Chemistry,192, 1-9, 2014. DOI PDF2013
● Kim, A.V., Voloshin, V.P., Medvedev, N.N., A. Geiger. Decomposition of
a protein solution into Voronoi shells and Delaunay layers: calculation
of the volumetric properties. // Gavrilova, M.L., Tan, C.J.K.,
Kalantari, B. (eds.), Transactions on Computational Science XX , LNCS,
Springer, Heidelberg, Volume 8110, pp 56-71, 2013. DOI
● Medvedev N.N., Voloshin V.P. Open problem: A formula for calculation of the Voronoi S-region volume.
// Proceedings of the International Symposium on Voronoi Diagrams in
Science and Engineering (ISVD-2013), July 8-10, 2013, Sant Perersburg,
Russia. ISBN-13: 978-0-7695-5034-4, pp. 89-91. DOI● Н.Н. Медведев, В.П. Волошин, А.В. Ким, А.В. Аникеенко, А. Гайгер. Расчет парциального мольного объема и его составляющих на молекулярно-динамических моделях разбавленных растворов. Журнал структурной химии, 2013, Vol 54 (Приложение 2), S276-S297 URL
2012
● A.V. Kim, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, A. Geiger, Decomposition of a Protein Solution into Voronoi Shells and Delaunay Layers.
// Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD), 2012 Ninth
International Symposium on, New Jersey, USA. June 27- 29 2012, ISBN:
978-1-4673-1910-2, pp. 95-102. DOI
● G.G.
Malenkov, Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Collective effects in
molecular motions in liquids. Russian Journal of Physical Chemistry A.
2012, Volume 86, Issue 9, pp 1378-1384. DOI, PDF2011
● V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, M.N. Andrews, R.R. Burri, R. Winter, A. Geiger, Volumetric Properties of Hydrated Peptides: Voronoi-Delaunay Analysis of Molecular Simulation Runs. // Journal of Physical Chemistry B, 2011, 115 (48), pp 14217–14228. DOI
● V.P. Voloshin, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Geiger, An algorithm for the calculation of volume and surface of unions of spheres. Application for solvation shells
// Proceedings of Eighth International Symposium on Voronoi Diagrams in
Science and Engineering (ISVD 2011), Qingdao, China, June 28th - 30th,
2011, pp. 170-176. DOI
● Yu.I.
Naberukhin, V.P. Voloshin. Structure of ice Ih and ice Ic as described
in the language of Delaunay simplices. Acta Crystallographica Section A.
2011, A67, 507–511. DOI, PDF● G.
Malenkov, Yu. Naberukhin, V. Voloshin. Collective effects in
diffusional motion of water molecules: computer simulation. Structural
Chemistry. 2011, Volume 22, Issue 2, pp 459-463. DOI, PDF
● G.G.
Malenkov, Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Coherent molecular motion in
aquatic environment. Extraction of correlation from noise. Russian
Journal of General Chemistry. 2011, Volume 81, Issue 1, pp 191-199. DOI, PDF
2010
● V.P. Voloshin, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Geiger, D. Stoyan, Hydration Shells in Voronoi Tessellations
// Proceedings of Seventh International Symposium on Voronoi Diagrams
in Science and Engineering (ISVD 2010), 28-30 June 2010, Quebec, Canada,
pp. 254-259. DOI
2009
● V. P. Voloshin, Yu. I. Naberukhin. Hydrogen bond lifetime distributions in computer-simulated water. Journal of Structural Chemistry, 2009, Volume 50, Issue 1, pp 78-89, DOI, PDF
● V.
P. Voloshin, Yu. I. Naberukhin. Distributions of Hydrogen Bond
Lifetimes in Instantaneous and Inherent Structures of Water. Zeitschrift
für Physikalische Chemie, 2009, Volume 223, Issue 9, pp 999-1011, DOI, PDF
2008
● P. Jedlovszky, L.B. Pártay, A.P. Bartók, V.P. Voloshin,N.N. Medvedev, G. Garberoglio, R. Vallauri. Structural and thermodynamic properties of different phases of supercooled liquid water. // The Journal of Chemical Physics 128, 244503 (2008).2007
●V.
P. Voloshin, G. G. Malenkov, Yu. I. Naberukhin. Description of
collective effects in computer models of water. Journal of Structural
Chemistry, 2007, Volume 48, Issue 6, pp 1066-1072, DOI, PDF
2006
● Medvedev N.N., Voloshin V.P., Luchnikov V.A., Gavrilova M.L. An algorithm for three-dimensional Voronoi S-network . // J. of Comput. Chem. Vol. 27, (14) , pp. 1676 - 1692 (2006). PDF
● М.Г. Алинченко, А.В.Аникеенко, В.П. Волошин, Н.Н. Медведев, Д.Пашек, А.Аппельхаген, А. Гайгер. Исследование пространственных корреляций межатомных пустот в молекулярных жидкостях с помощью симплексов Делоне. Журн. Структ. Хим. т.47, S122 - S128, (2006). PDF
● M. G. Alinchenko, A. V. Anikeenko, V. P. Voloshin, N. N. Medvedev, D. Paschek, A. Appelhagen, and A. Geiger. Spatial correlations of interatomic voids in molecular liquids studied using delaunay simplices. Journal of Structural Chemistry, Vol. 47, Supplement, pp. S119-S125, 2006. PDF
● Наберухин Ю.И., Волошин В. П. Структура больших некристаллических леннард - джонсовских моделей. // Журн. структ. химии, т. 47, с. S129-S143 (2006). PDF
● Yu. I. Naberukhin, V. P. Voloshin. Sructure of large noncrystalline Lennard-Jones models. // Journal of Structural Chemistry , 47, Supplement, pp S126-S140, 2006. PDF
2005
● Rabinovich A. L., Balabaev N. K., Alinchenko M. G., Voloshin V. P., Medvedev N. N., Jedlovszky P., Computer simulation study of intermolecular voids in unsaturated phosphatidylcholine lipid bilayers, // J. Chem. Phys. 122 Article No. 084906 (2005). PDF
● Alinchenko M.G., Voloshin V.P., Medvedev N.N., Mezei M., Partay L., and Jedlovszky P. Effect of cholesterol on the properties of phospholipid membranes. 4. Interatomic voids. // J. Phys. Chem. B, 109 (34), 16490 -16502 (2005). PDF
● Волошин В.П., Медведев Н.Н. Исследование препика структурного фактора. Анализ неоднородных упаковок Леннард-Джонсовских атомов. // Журн.Структ.Химии. 46, (1), 96-100 (2005). PDF
● Медведев Н.Н., Волошин В.П. Использование межатомных пустот для исследования структуры компьютерных моделей жидкостей и стекол. // Журн.структ.химии, 46, (1), 101-105 (2005). PDF
● Medvedev N.N., Voloshin V.P., Intermolecular voids for structure investigation of computer model of liquids and glasses.// Journal of Structural Chemistry, Vol.46, (1), 98 - 102. abstract
● Волошин В.П., Медведев Н.Н., Наберухин Ю.И., Гайгер А., Клене М. Радиальные функции распределения атомов и пустот в больших компьютерных моделях воды. // Журн. структ. химии, т.46, ?3, с.451-458, 2005. PDF
● Voloshin V.P., Medvedev N.N., Naberukhin Yu.I., Geiger A., Klene M. Radial Distribution Functions of Atoms and Voids in Large Computer Models of Water.// Journal of structural Chemistry 46(3), 438-445 (2005) PDF
● Волошин В.П., Наберухин Ю.И. Структура межчастичного пространства в больших некристаллических упаковках Леннард-Джонсовских атомов и её влияние на диффузионную подвижность примесных частиц. ЖСХ, 2005, т. 46, ?2, с.273 - 283. PDF
● N.N.Medvedev, A.V. Anikeenko, M.G.Alinchenko, V.P.Voloshin, D.Pashek, A.Appelhagen, A.Geiger. Application of Voronoi diagrams for calculation of the radial correlation of the intermolecular voids.// In Proceedings of The 2nd International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering. Oct. 10-13, 2005, Hynyang University, Seoul, Korea. pp.358-367.
2004
● M.G. Alinchenko and A. V. Anikeenko, N. N. Medvedev and V. P. Voloshin, M. Mezei, P. Jedlovszky. Morphology of Voids in Molecular Systems. A Voronoi-Delaunay Analysis of a Simulated DMPC Membrane. J. Phys. Chem. B, 108 (49), 19056 -19067, 2004. PDF
● A. V.Anikeenko, M. G. Alinchenko, V. P. Voloshin, N. N. Medvedev, M. L. Gavrilova and P. Jedlovszky. Implementation of the Voronoi-Delauney Method for Analysis of Intermolecular Voids. A. Lagana et al. (Eds.): ICCSA 2004, LNCS 3045, pp. 217-226. PDF
● N.N.Medvedev, V.P.Voloshin, A.L.Rabinovich, N.K.Balabaev, P.Jedlovszky. Free space distribution and percolation in computer models of lipidic bilayers. R.S.Vartapetian & others (editors). "Structure and dynamics of molecular systems", 2004, Publication IX, part 1,112 - 115. Kazan. (in Russian)
● A.L.Rabinovich, N.K.Balabaev, V.P.Voloshin, N.N.Medvedev, P.Jedlovszky. Phosphathidilholin bilayers, computer modeling and intermolecular voids research//structure and dynamics of molecular systems, 2004. Collected lectures thesises and reports of XI All-Russian conference (Yalchik - 2004). Moscow - Yoshkar-Ola - Ufa - Kazan, Publisher Moscow State Technical University, 2004. P.213. (in Russian)
2003
● N.N.Medvedev, V.P.Voloshin, A.Bezrukov, D.Stoyan. From Imperfect Amorphous Structures to a Defective Crystals. Proceedings X-th APAM Topical Seminar and III Conference "Nanoscience and Technology" devoted to 10-th anniversary of APAM. 2-6 June, 2003, p.62-63 Novosibirsk, Russia. (in English)
● В.П. Волошин, М.Г.Алинченко, Н.Н.Медведев, П.Жедловски, А,Л.Рабинович. Исследование структуры межмолекулярных пустот в липидном бислое. В сборнике Структура и динамика молекулярных систем, выпуск Х. Часть 2. Изд. Казанского госуниверситета, Казань, с.150-155. 2003.
● Н.Н.Медведев, В.П. Волошин, Исследование межатомных пустот в молекулярных системах. В сборнике Структура и динамика молекулярных систем, выпуск Х. Часть.1. Изд. Казанского госуниверситета, Казань, с.298-304. 2003. PDF
2002
● V.P.Voloshin, S.Beaufils and N.N.Medvedev. "Void space analysis of the structure of liquids". Journal of Molecular Liquids v.96-97, 2002, p.101 - 112. PDF
● В.П.Волошин, Е.А.Желиговская, Г.Г.Маленков, Ю.И.Наберухин. Структурная неоднородность аморфного льда высокой плотности. // Журн. структ. химии, 2002, т.43, ?5, с.844-850. PDF
● V.A.Luchnikov, Gavrilova, M.L., Medvedev, N.N., Voloshin V.P. "The Voronoi-Delaunay Approach for the Free Volume Analysis of a Packing of Balls in a Cylindrical Container," Future Generation Computer Systems, Special Issue on Computer Modeling, Algorithms and Supporting Environments, vol. 18, (2002) pp. 673-679, Elsevier. PDF
2001
● В.П.Волошин, В.А.Лучников, Н.Н.Медведев. Численное моделирование пористых материалов и количественный анализ структуры пор. Глава 2 (стр.90-122) в книге " Современные подходы к исследованию и описанию процессов сушки пористых тел", под ред. В.Н.Пармона, Изд.СО РАН, Новосибирск, 2001.
● В. П. Волошин, Е. А. Желиговская, Г. Г. Маленков, Ю. И. Наберухин, Д. Л. Тытик. Структуры сеток водородных связей и динамика молекул воды в конденсированных водных системах. // Рос. хим. ж. (ж. Рос. хим. об-ва им. Д.И.Менделеева), 2001, т.XLV, ?3, 31-37. PDF
● Волошин В.П., Желиговская Е.А., Маленков Г.Г., Наберухин Ю.И. Структурная неоднородность аморфного льда низкой плотности и её влияние на динамику молекул воды. // ЖСХ, 2001, т. 42, ? 5, с.948 - 957. PDF
2000
● В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин. Структурные превращения в аморфной упаковке Леннард-Джонсовских атомов при уменьшении плотности. // Журн. структ. химии, 2000, т.41, ?5, с.1005-1012.
1999-1990
● Luchnikov V.A., Medvedev N.N., Voloshin V.P., Geiger A. Simulation Of Transport And Diffusion On The Voronoi Network. In the book: Scientific Computing in Chemical Engineering, ed. F.Keil et al.Springer. Berlin. p.106-113,1999
● V.P.Voloshin, Yu.I.Naberukhin. Homogeneity loss phase transition in packings of Lennard-Jones atoms under density decreasing. J.Mol.Liq., 1999, v.82, p.19-26.
● В.П.Волошин, Н.Н.Медведев, В.Б.Фенелонов, В.Н.Пармон. Компьютерная порометрия монодисперсных силикагелей. ДАН, 1999, т.364 (3), с.337-341.
● В.П.Волошин,Н.Н.Медведев, В.Б.Фенелонов, В.Н.Пармон. Исследование структуры пор в компьютерных моделях плотных и рыхлых упаковок сферических частиц. ЖСХ, 1999, т.40 (4), с.681-692.
● В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин О происхождении расщепления второго максимума в радиальной функции распределения аморфных твердых тел. ЖСХ, 1997, т. 38 (1), с.78-88.
● Voloshin V.P., Naberukhin Yu.I., Medvedev N.N., Mu Shik Jhon. Investigation Of Free Volume Percolation Under The Liquid - Glass Phase Transition. J.Chem.Phys. v.102, p.4981- 4986. 1995 PDF
● Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин. О связи текучести и структуры. Анализ молекулярно-динамической модели жидкого и аморфного рубидия. ЖФХ, 1992. т.66 (1), с.163-166.
● Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin, N.N.Medvedev. Geometrical analysis of the structure of simple liqids: percolation approach. Mol. Phys., 1991, v.73, No.4, p.917-936. Abstract(Doc)
1989-1980
● V.P.Voloshon, Yu.I.Naberukhin, N.N.Medvedev. Can various classes of atomic configurations (Delaunay simplices) be distinguished in random dense packing of spherical particles? Mol.Simulation, 1989, v.4, p. 209-227.
● Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин. Структура простых жидкостей как перколяционная проблема на сетке Вороного. ЖСХ, 1989, т.30 (2), с.98-105.
● Medvedev N.N., Voloshin V.P., Naberukhin Yu.I. Structure of simple liquids as a percolation problem on the Voronoi network. // J. Phys. A: Math. Gen. - 1988. - 21. - P. L247 - L252. PDF
● Н.Н.Медведев, В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин. Изучение формы атомных конфигураций в плотных леннард-джонсовских системах. // Журн.структ.химии. 1987, т.28, ?2, с.62-69.
● Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин, Н.Н.Медведев. Собственные структуры конденсированных сред. Машинное моделирование леннард-джонсовских систем. // Расплавы. 1987, т.1, ?2, с.71-77.
● N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin. Local environmental geometry of atoms in the Lennard-Jones system. Materials Chemistry and Physics, 1986, v.14, p.533-548.
● N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin. To the question about icosahedral local structure in simple liquids. // Zh.strukt.Khimii, 1986, v.27(4), p.91-97, (in Russian). Engl.translation: J.Struct.Chem. 1986, v.27(4),p.581-586.
● В.П.Волошин, Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин. Многогранники Вороного нерегулярных упаковок. Часть.~2. Простые жидкости. ЖСХ. 1985. т.26 (3), с.68-76.
● V.P.Voloshin, N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin. Voronoi polihedra of non-regular packings. Part.2. Simple liquids. // J.Struct.Chem. 1985, v.27(3),p.376-383.
|