Лаборатория МДС
Главная > Сотрудники > Волошин В.П. > Публикации

Публикации Волошина В.П.

2007, 2006, 2005, 2004, 2003, 2002, 2001, 2000, 1999-1990, 1989-1980

2018

E.A. Shelepova, A.V. Kim, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev. Intermolecular Voids in Lipid Bilayers in the Presence of Glycyrrhizic Acid // The Journal of Physical Chemistry B, 122.43 (2018): 9938-9946. DOI

Волошин В.П., Ким А.В., Шелепова Е.А., Медведев Н.Н. Определение границы между липидным бислоем и водой. // Журнал Структурной Химии, 2018, том 59, № 1, С.101-110. DOI PDF

2017

Smolin N, Voloshin VP, Anikeenko AV, Geiger A, Winter R, Medvedev NN. TMAO and urea in the hydration shell of the protein SNase. // Phys Chem Chem Phys. 2017, 19(9):6345-6357. DOI PDF

B. Fabian, M. Sega, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, P. Jedlovszky. Lateral Pressure Profile and Free Volume Properties in Phospholipid Membranes Containing Anesthetics // J. Phys. Chem. B 2017, 121, 2814 −2824. DOI PDF

2015

Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Exploring volume, compressibility and hydration changes of folded proteins upon compression. Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 8499-8508, 2015. DOI PDF

Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Disentangling Volumetric and Hydration Properties of Proteins // J. Phys. Chem. B, 2015, 119, 1881-1890. DOI PDF

2014

V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, and A.Geiger. Fast Calculation of the Empty Volume in Molecular Systems by the use of Voronoi-Delaunay Subsimplexes // Trans. on Comput. Sci. XXII, LNCS 8360, p.156, 2014. DOI PDF

V.P. Voloshin, A.V. Kim, N.N. Medvedev, R. Winter, A. Geiger. Calculation of the Volumetric Characteristics of Bio-Macromolecules In Solution by the Voronoi-Delaunay Technique // Biophysical Chemistry,192, 1-9, 2014. DOI PDF

2013

Kim, A.V., Voloshin, V.P., Medvedev, N.N., A. Geiger. Decomposition of a protein solution into Voronoi shells and Delaunay layers: calculation of the volumetric properties. // Gavrilova, M.L., Tan, C.J.K., Kalantari, B. (eds.), Transactions on Computational Science XX , LNCS, Springer, Heidelberg, Volume 8110, pp 56-71, 2013. DOI

Medvedev N.N., Voloshin V.P. Open problem: A formula for calculation of the Voronoi S-region volume. // Proceedings of the International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD-2013), July 8-10, 2013, Sant Perersburg, Russia. ISBN-13: 978-0-7695-5034-4, pp. 89-91. DOI

Н.Н. Медведев, В.П. Волошин, А.В. Ким, А.В. Аникеенко, А. Гайгер. Расчет парциального мольного объема и его составляющих на молекулярно-динамических моделях разбавленных растворов. Журнал структурной химии, 2013, Vol 54 (Приложение 2), S276-S297
URL

2012

A.V. Kim, V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, A. Geiger, Decomposition of a Protein Solution into Voronoi Shells and Delaunay Layers. // Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD), 2012 Ninth International Symposium on, New Jersey, USA. June 27- 29 2012, ISBN: 978-1-4673-1910-2, pp. 95-102. DOI

G.G. Malenkov, Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Collective effects in molecular motions in liquids. Russian Journal of Physical Chemistry A. 2012, Volume 86, Issue 9, pp 1378-1384. DOI, PDF

2011

V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, M.N. Andrews, R.R. Burri, R. Winter, A. Geiger, Volumetric Properties of Hydrated Peptides: Voronoi-Delaunay Analysis of Molecular Simulation Runs. // Journal of Physical Chemistry B, 2011, 115 (48), pp 14217–14228. DOI

V.P. Voloshin, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Geiger, An algorithm for the calculation of volume and surface of unions of spheres. Application for solvation shells // Proceedings of Eighth International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD 2011), Qingdao, China, June 28th - 30th, 2011, pp. 170-176. DOI

Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Structure of ice Ih and ice Ic as described in the language of Delaunay simplices. Acta Crystallographica Section A. 2011, A67, 507–511. DOI, PDF

G. Malenkov, Yu. Naberukhin, V. Voloshin. Collective effects in diffusional motion of water molecules: computer simulation. Structural Chemistry. 2011, Volume 22, Issue 2, pp 459-463. DOI, PDF

G.G. Malenkov, Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Coherent molecular motion in aquatic environment. Extraction of correlation from noise. Russian Journal of General Chemistry. 2011, Volume 81, Issue 1, pp 191-199. DOI, PDF

2010

V.P. Voloshin, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Geiger, D. Stoyan, Hydration Shells in Voronoi Tessellations // Proceedings of Seventh International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD 2010), 28-30 June 2010, Quebec, Canada, pp. 254-259. DOI

2009

V. P. Voloshin, Yu. I. Naberukhin. Hydrogen bond lifetime distributions in computer-simulated water. Journal of Structural Chemistry, 2009, Volume 50, Issue 1, pp 78-89, DOI, PDF

V. P. Voloshin, Yu. I. Naberukhin. Distributions of Hydrogen Bond Lifetimes in Instantaneous and Inherent Structures of Water. Zeitschrift für Physikalische Chemie, 2009, Volume 223, Issue 9, pp 999-1011, DOI, PDF

2008

P. Jedlovszky, L.B. Pártay, A.P. Bartók, V.P. Voloshin,N.N. Medvedev, G. Garberoglio, R. Vallauri. Structural and thermodynamic properties of different phases of supercooled liquid water. // The Journal of Chemical Physics 128, 244503 (2008).

2007

V. P. Voloshin, G. G. Malenkov, Yu. I. Naberukhin. Description of collective effects in computer models of water. Journal of Structural Chemistry, 2007, Volume 48, Issue 6, pp 1066-1072, DOI, PDF

2006

Medvedev N.N., Voloshin V.P., Luchnikov V.A., Gavrilova M.L. An algorithm for three-dimensional Voronoi S-network . // J. of Comput. Chem. Vol. 27, (14) , pp. 1676 - 1692 (2006). PDF

М.Г. Алинченко, А.В.Аникеенко, В.П. Волошин, Н.Н. Медведев, Д.Пашек, А.Аппельхаген, А. Гайгер. Исследование пространственных корреляций межатомных пустот в молекулярных жидкостях с помощью симплексов Делоне. Журн. Структ. Хим. т.47, S122 - S128, (2006). PDF

M. G. Alinchenko, A. V. Anikeenko, V. P. Voloshin, N. N. Medvedev, D. Paschek, A. Appelhagen, and A. Geiger. Spatial correlations of interatomic voids in molecular liquids studied using delaunay simplices. Journal of Structural Chemistry, Vol. 47, Supplement, pp. S119-S125, 2006. PDF

Наберухин Ю.И., Волошин В. П. Структура больших некристаллических леннард - джонсовских моделей. // Журн. структ. химии, т. 47, с. S129-S143 (2006). PDF

Yu. I. Naberukhin, V. P. Voloshin. Sructure of large noncrystalline Lennard-Jones models. // Journal of Structural Chemistry , 47, Supplement, pp S126-S140, 2006. PDF

2005

Rabinovich A. L., Balabaev N. K., Alinchenko M. G., Voloshin V. P., Medvedev N. N., Jedlovszky P., Computer simulation study of intermolecular voids in unsaturated phosphatidylcholine lipid bilayers, // J. Chem. Phys. 122 Article No. 084906 (2005). PDF

Alinchenko M.G., Voloshin V.P., Medvedev N.N., Mezei M., Partay L., and Jedlovszky P. Effect of cholesterol on the properties of phospholipid membranes. 4. Interatomic voids. // J. Phys. Chem. B, 109 (34), 16490 -16502 (2005). PDF

Волошин В.П., Медведев Н.Н. Исследование препика структурного фактора. Анализ неоднородных упаковок Леннард-Джонсовских атомов. // Журн.Структ.Химии. 46, (1), 96-100 (2005). PDF

Медведев Н.Н., Волошин В.П. Использование межатомных пустот для исследования структуры компьютерных моделей жидкостей и стекол. // Журн.структ.химии, 46, (1), 101-105 (2005). PDF

Medvedev N.N., Voloshin V.P., Intermolecular voids for structure investigation of computer model of liquids and glasses.// Journal of Structural Chemistry, Vol.46, (1), 98 - 102. abstract

Волошин В.П., Медведев Н.Н., Наберухин Ю.И., Гайгер А., Клене М. Радиальные функции распределения атомов и пустот в больших компьютерных моделях воды. // Журн. структ. химии, т.46, ?3, с.451-458, 2005. PDF

Voloshin V.P., Medvedev N.N., Naberukhin Yu.I., Geiger A., Klene M. Radial Distribution Functions of Atoms and Voids in Large Computer Models of Water.// Journal of structural Chemistry 46(3), 438-445 (2005) PDF

Волошин В.П., Наберухин Ю.И. Структура межчастичного пространства в больших некристаллических упаковках Леннард-Джонсовских атомов и её влияние на диффузионную подвижность примесных частиц. ЖСХ, 2005, т. 46, ?2, с.273 - 283. PDF

N.N.Medvedev, A.V. Anikeenko, M.G.Alinchenko, V.P.Voloshin, D.Pashek, A.Appelhagen, A.Geiger. Application of Voronoi diagrams for calculation of the radial correlation of the intermolecular voids.// In Proceedings of The 2nd International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering. Oct. 10-13, 2005, Hynyang University, Seoul, Korea. pp.358-367.

2004

M.G. Alinchenko and A. V. Anikeenko, N. N. Medvedev and V. P. Voloshin, M. Mezei, P. Jedlovszky. Morphology of Voids in Molecular Systems. A Voronoi-Delaunay Analysis of a Simulated DMPC Membrane. J. Phys. Chem. B, 108 (49), 19056 -19067, 2004. PDF

A. V.Anikeenko, M. G. Alinchenko, V. P. Voloshin, N. N. Medvedev, M. L. Gavrilova and P. Jedlovszky. Implementation of the Voronoi-Delauney Method for Analysis of Intermolecular Voids. A. Lagana et al. (Eds.): ICCSA 2004, LNCS 3045, pp. 217-226. PDF

N.N.Medvedev, V.P.Voloshin, A.L.Rabinovich, N.K.Balabaev, P.Jedlovszky. Free space distribution and percolation in computer models of lipidic bilayers. R.S.Vartapetian & others (editors). "Structure and dynamics of molecular systems", 2004, Publication IX, part 1,112 - 115. Kazan. (in Russian)

A.L.Rabinovich, N.K.Balabaev, V.P.Voloshin, N.N.Medvedev, P.Jedlovszky. Phosphathidilholin bilayers, computer modeling and intermolecular voids research//structure and dynamics of molecular systems, 2004. Collected lectures thesises and reports of XI All-Russian conference (Yalchik - 2004). Moscow - Yoshkar-Ola - Ufa - Kazan, Publisher Moscow State Technical University, 2004. P.213. (in Russian)

2003

N.N.Medvedev, V.P.Voloshin, A.Bezrukov, D.Stoyan. From Imperfect Amorphous Structures to a Defective Crystals. Proceedings X-th APAM Topical Seminar and III Conference "Nanoscience and Technology" devoted to 10-th anniversary of APAM. 2-6 June, 2003, p.62-63 Novosibirsk, Russia. (in English)

В.П. Волошин, М.Г.Алинченко, Н.Н.Медведев, П.Жедловски, А,Л.Рабинович. Исследование структуры межмолекулярных пустот в липидном бислое. В сборнике Структура и динамика молекулярных систем, выпуск Х. Часть 2. Изд. Казанского госуниверситета, Казань, с.150-155. 2003.

Н.Н.Медведев, В.П. Волошин, Исследование межатомных пустот в молекулярных системах. В сборнике Структура и динамика молекулярных систем, выпуск Х. Часть.1. Изд. Казанского госуниверситета, Казань, с.298-304. 2003. PDF

2002

V.P.Voloshin, S.Beaufils and N.N.Medvedev. "Void space analysis of the structure of liquids". Journal of Molecular Liquids v.96-97, 2002, p.101 - 112. PDF

В.П.Волошин, Е.А.Желиговская, Г.Г.Маленков, Ю.И.Наберухин. Структурная неоднородность аморфного льда высокой плотности. // Журн. структ. химии, 2002, т.43, ?5, с.844-850. PDF

V.A.Luchnikov, Gavrilova, M.L., Medvedev, N.N., Voloshin V.P. "The Voronoi-Delaunay Approach for the Free Volume Analysis of a Packing of Balls in a Cylindrical Container," Future Generation Computer Systems, Special Issue on Computer Modeling, Algorithms and Supporting Environments, vol. 18, (2002) pp. 673-679, Elsevier. PDF

2001

В.П.Волошин, В.А.Лучников, Н.Н.Медведев. Численное моделирование пористых материалов и количественный анализ структуры пор. Глава 2 (стр.90-122) в книге " Современные подходы к исследованию и описанию процессов сушки пористых тел", под ред. В.Н.Пармона, Изд.СО РАН, Новосибирск, 2001.

В. П. Волошин, Е. А. Желиговская, Г. Г. Маленков, Ю. И. Наберухин, Д. Л. Тытик. Структуры сеток водородных связей и динамика молекул воды в конденсированных водных системах. // Рос. хим. ж. (ж. Рос. хим. об-ва им. Д.И.Менделеева), 2001, т.XLV, ?3, 31-37. PDF

Волошин В.П., Желиговская Е.А., Маленков Г.Г., Наберухин Ю.И. Структурная неоднородность аморфного льда низкой плотности и её влияние на динамику молекул воды. // ЖСХ, 2001, т. 42, ? 5, с.948 - 957. PDF

2000

В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин. Структурные превращения в аморфной упаковке Леннард-Джонсовских атомов при уменьшении плотности. // Журн. структ. химии, 2000, т.41, ?5, с.1005-1012.

1999-1990

Luchnikov V.A., Medvedev N.N., Voloshin V.P., Geiger A. Simulation Of Transport And Diffusion On The Voronoi Network. In the book: Scientific Computing in Chemical Engineering, ed. F.Keil et al.Springer. Berlin. p.106-113,1999

V.P.Voloshin, Yu.I.Naberukhin. Homogeneity loss phase transition in packings of Lennard-Jones atoms under density decreasing. J.Mol.Liq., 1999, v.82, p.19-26.

В.П.Волошин, Н.Н.Медведев, В.Б.Фенелонов, В.Н.Пармон. Компьютерная порометрия монодисперсных силикагелей. ДАН, 1999, т.364 (3), с.337-341.

В.П.Волошин,Н.Н.Медведев, В.Б.Фенелонов, В.Н.Пармон. Исследование структуры пор в компьютерных моделях плотных и рыхлых упаковок сферических частиц. ЖСХ, 1999, т.40 (4), с.681-692.

В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин О происхождении расщепления второго максимума в радиальной функции распределения аморфных твердых тел. ЖСХ, 1997, т. 38 (1), с.78-88.

Voloshin V.P., Naberukhin Yu.I., Medvedev N.N., Mu Shik Jhon. Investigation Of Free Volume Percolation Under The Liquid - Glass Phase Transition. J.Chem.Phys. v.102, p.4981- 4986. 1995 PDF

Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин. О связи текучести и структуры. Анализ молекулярно-динамической модели жидкого и аморфного рубидия. ЖФХ, 1992. т.66 (1), с.163-166.

Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin, N.N.Medvedev. Geometrical analysis of the structure of simple liqids: percolation approach. Mol. Phys., 1991, v.73, No.4, p.917-936. Abstract(Doc)

1989-1980

V.P.Voloshon, Yu.I.Naberukhin, N.N.Medvedev. Can various classes of atomic configurations (Delaunay simplices) be distinguished in random dense packing of spherical particles? Mol.Simulation, 1989, v.4, p. 209-227.

Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин. Структура простых жидкостей как перколяционная проблема на сетке Вороного. ЖСХ, 1989, т.30 (2), с.98-105.

Medvedev N.N., Voloshin V.P., Naberukhin Yu.I. Structure of simple liquids as a percolation problem on the Voronoi network. // J. Phys. A: Math. Gen. - 1988. - 21. - P. L247 - L252. PDF

Н.Н.Медведев, В.П.Волошин, Ю.И.Наберухин. Изучение формы атомных конфигураций в плотных леннард-джонсовских системах. // Журн.структ.химии. 1987, т.28, ?2, с.62-69.

Ю.И.Наберухин, В.П.Волошин, Н.Н.Медведев. Собственные структуры конденсированных сред. Машинное моделирование леннард-джонсовских систем. // Расплавы. 1987, т.1, ?2, с.71-77.

N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin. Local environmental geometry of atoms in the Lennard-Jones system. Materials Chemistry and Physics, 1986, v.14, p.533-548.

N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin, V.P.Voloshin. To the question about icosahedral local structure in simple liquids. // Zh.strukt.Khimii, 1986, v.27(4), p.91-97, (in Russian). Engl.translation: J.Struct.Chem. 1986, v.27(4),p.581-586.

В.П.Волошин, Н.Н.Медведев, Ю.И.Наберухин. Многогранники Вороного нерегулярных упаковок. Часть.~2. Простые жидкости. ЖСХ. 1985. т.26 (3), с.68-76.

V.P.Voloshin, N.N.Medvedev, Yu.I.Naberukhin. Voronoi polihedra of non-regular packings. Part.2. Simple liquids. // J.Struct.Chem. 1985, v.27(3),p.376-383.


powered by CMSimple - template by cmsimple-styles.com