Лаборатория МДС
Главная > Публикации

 

Персональные публикации:       Медведев Н.Н.,     Наберухин Ю.И.,     Ефимов Ю.Я.,     Волошин В.П.,     Аникеенко А.В.,     Ким А.В.

 

Книга "Метод Вороного-Делоне в исследовании структуры некристаллических систем",     Медведев Н.Н. (введение, содержание, скачать)

 

Основные публикации

2011, 2010, 2009, 2008, 2007, 2006, 2005, 2004

2015

 Voloshin, V.P.; Medvedev N.N.; Smolin, N. Geiger A.; and Winter R. Exploring volume, compressibility and hydration changes of folded proteins upon compression. Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 8499-8508, 2015. DOI PDF

2014

 V.P. Voloshin, A.V. Kim, N.N. Medvedev, R. Winter, A. Geiger. "Calculation of the volumetric characteristics of bio-macromolecules in solution by the Voronoi-Delaunay technique". Biophysical Chemistry, 192, 1-9, 2014. DOI PDF

  Kim, A.V., Medvedev, N.N., A. Geiger. Molecular dynamics study of the volumetric and hydrophobic properties of the amphiphilic molecule C8E6// Journal of Molecular Liquids, 189, pp 74–80, 2014. DOI PDF

●   V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, and A.Geiger. Fast Calculation of the Empty Volume in Molecular Systems by the use of Voronoi-Delaunay Subsimplexes // Trans. on Comput. Sci. XXII, LNCS 8360,  p.156, 2014. DOI PDF

2013

●   A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, N.F. Uvarov, Molecular dynamics study of ion migration mechanism in rubidium nitrate// Solid State Ionics, 251, 13-17, 2013. DOI

●   Kim, A.V., Voloshin, V.P., Medvedev, N.N., A. Geiger. "Decomposition of a protein solution into Voronoi shells and Delaunay layers: calculation of the volumetric properties". Transactions on Computational Science XX , Springer, Volume 8110, pp 56-71, 2013. DOI PDF

●   Медведев Н.Н, Волошин В.П., Ким А.В., Аникеенко А.В.,  Гайгер А. Расчет парциального мольного объема и его составляющих на молекулярно-динамических моделях разбавленных растворов.// Журнал Структурной Химии, 2013,  Том 54 (Приложение№2), S276-S297. URL  PDF

●   А.С. Роик, А.В.Аникеенко, Н.Н.Медведев. Политетраэдрический порядок и локальное химическое упорядочение в металлических расплавах. // Журнал Структурной Химии, 2013,  Том 54 (2), 269-277, URL. PDF English version: pp. 332-340, 2013 DOI PDF

2012

Kim, A.V., Voloshin, V.P.,  Medvedev, N.N.,  Geiger, A. "Decomposition of a Protein Solution into Voronoi Shells and Delaunay Layers". Proceedings of the International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering (ISVD-2012),  New Brunswick, Rutgers University, New Jersey, USA. June 27- 29 2012,  ISBN: 978-1-4673-1910-2,   pp. 95-102. DOI



2011

V.P. Voloshin, N.N. Medvedev, M.N. Andrews, R.R. Burri, R. Winter, A. Geiger,  Volumetric Properties of Hydrated Peptides: Voronoi-Delaunay Analysis of Molecular Simulation Runs, J. Phys. Chem. B, 2011, 2011, 115 (48), pp 14217–14228. DOI

Yu.I. Naberukhin, V.P. Voloshin. Structure of ice Ih and ice Ic as described in the language of Delaunay simplices. Acta Crystallographica Section A. 2011, A67, 507–511. DOI, PDF

A.S. Roik, A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, Investigation of the particular features of the structure factor of liquid Al-based alloys, Journal of Molecular Liquids, Volume 161, Issue 2, pp. 78-84, 2011. PDF

А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, О причине высокой плотности жидкого циклогексана, Журнал структурной химии, 2011, Том 52, №3, с. 513. PDF


2010

А.В. Аникеенко, А.В. Ким, Н.Н. Медведев, Исследование структуры жидких С6-алканов методом молекулярной динамики, Журнал структурной химии, Том 51, №6, с. 1127, 2010 PDF

  Ю.Я. Ефимов, О влиянии геометрии водородного мостика на колебательные спектры воды: Трёхпараметрический потенциал водородной связи, Журнал структурной химии, Том 51, №3, с. 501-508, 2010


2009

  А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, Исследование структуры упаковок твердых сфер вблизи Берналовской плотности, Журнал структурной химии, Том 50, №4, с. 787, 2009. PDF

  А.В. Аникеенко, Н.Н. Медведев, М.К. Ковалев, М.С. Мельгунов, Моделирование диффузии молекул газа в пористых слоях разной структуры, Журнал структурной химии, Том 50, №3, с. 425, 2009. PDF


2008

  Alexey V. Anikeenko, Marina L. Gavrilova, Nikolai N. Medvedev.  Shapes of Delaunay Simplexes and Structural Analysis of Hard Sphere Packings . In book:  Generalized Voronoi Diagram: A Geometry-Based Approach to Computational Intelligence.  Ed. Marina L. Gavrilova, Springer-Verlag Berlin Heidelberg.  In serial: Studies in Computational Intelligence,Volume 158,  pp 13-45, 2008. PDF

  A. V. Anikeenko and N. N. Medvedev, T. Aste. Structural and entropic insights into the nature of the random-close-packing limit. // Physical Review E 77, 031101 (2008). PDF

 

2007

  A.V. Anikeenko and N. N. Medvedev. Polytetrahedral Nature of the Dense Disordered Packings of Hard Spheres. PRL, 98, 235504 (2007). PDF

A.V. Anikeenko, N.N. Medvedev, A. Bezrukov, D.Stoyan, "Observation of fivefold symmetry structures in computer models of dense packing of hard spheres", Journal of Non-Crystalline Solids, 353, pp. 3545-3549, 2007. DOI

  Аникеенко А.В., Медведев Н.Н. Структурные особенности плотных упаковок твердых сфер. Критические плотности.// Журнал Структурной Химии, т. 48, 4, 823-830, 2007. PDF


2006

Medvedev N.N., Voloshin V.P., Luchnikov V.A., Gavrilova M.L. An algorithm for three-dimensional Voronoi S-network . J. of Comput. Chem. Vol. 27, (14) , pp. 1676 - 1692 (2006). PDF

Наберухин Ю.И., Волошин В. П. Структура больших некристаллических леннард-джонсовских моделей. // Журн. структ. химии, т. 47, с. 129-143 (2006). Doc // Journal of Structural Chemistry , 47, Supplement, pp S126-S140, 2006. PDF

Аникеенко А.В., Медведев Н.Н. Гомогенная кристаллизация леннард-джонсовской жидкости. Структурный анализ с помощью симплексов Делоне. // ЖСХ , т.47, (2) 267-276 (2006) PDF. // Journal of Structural Chemistry, Vol.47, (2) 267-276 (2006). PDF


А.В.Ким, Н.Н.Медведев. Плавление и гомогенная кристаллизация леннард-джонсовской системы. Журн. Структ. Хим.т.47. S144 - S154. 2006 Doc // Journal of Structural Chemistry, vol.47, Supplement, pp.S141-S150, 2006. PDF


  Anikeenko A.V., Medvedev N.N. and Gavrilova M.L. Application of Procrustes Distance to Shape Analysis of Delaunay Simplexes. Proceedings of the 3rd International Symposium on Voronoi Diagrams in Science and Engineering 2006. Ed. B.Werner, IEEE Computer Society, 148-152, (2006). abstract, PDF


2005

  Alinchenko M.G., Voloshin V.P., Medvedev N.N., Mezei M., Partay L., and Jedlovszky P. Effect of cholesterol on the properties of phospholipid membranes. 4. Interatomic voids. // J. Phys. Chem. B, 109 (34), 16490 -16502 (2005). PDF

  Волошин В.П., Наберухин Ю.И. Структура межчастичного пространства в больших некристаллических упаковках леннард-джонсовских атомов и её влияние на диффузионную подвижность примесных частиц. ЖСХ, т. 46, 2, с.273 ? 283. (2005) PDF

   Yu.Ya.Efimov, Yu.I.Naberukhin, Thermodynamic functions of liquid water calculated from the temperature evolution of the vibration spectrum contour // Spectrochimica Acta, Part A: Mol. & Biomolecular Spectroscopy, 2005, Volume/Issue 61/8, pp. 1789-1794.


2004

  M.G. Alinchenko and A. V. Anikeenko, N. N. Medvedev and V. P. Voloshin, M. Mezei, P. Jedlovszky. Morphology of Voids in Molecular Systems. A Voronoi-Delaunay Analysis of a Simulated DMPC Membrane. J. Phys. Chem. B, 108 (49), 19056 -19067, 2004. PDF

   Yu.Ya.Efimov, Yu.I.Naberukhin, Fluctuation theory of hydrogen bonding applied to vibration spectra of HOD molecules in liquid water. II. Infrared spectra: contour shape, integrated intensity, temperature dependence. // Molecular Physics, 2004, v. 102, p. 1407-1414.



 


powered by CMSimple - template by cmsimple-styles.com